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在22世纪，人类已被强大的电脑"主体"网络控制了意识。以墨菲斯为首的黑客组织，为拯救人类，与"主体"麾下的史特工进行着长期不懈的较量，但一直难以取胜。于是他们按照"祭师"的指点，积极寻找可以使人类脱离电脑控制的救世主，而电脑公司的软件工程师尼奥正是他们所要寻找的目标。
墨菲斯派崔妮蒂将尼奥带到黑客组织的基地，向其展示了事实真相，并将之训练成为能力超凡的战士。但就在他们准备向"主体"宣战时，却因内奸的出卖遭到史密斯特工的袭击。墨菲斯为掩护尼奥等人安全撤离，舍身相拼，但终因寡不敌众而被捕。已回到基地的尼奥闻讯后，与崔妮蒂重返回网络，经过一番血战，终于救出墨菲斯，但自己却因此而惨遭枪杀。就在他的灵魂处于游离之际，崔妮蒂深情呼唤将之唤醒。尼奥经过灵与肉的挣扎，终于激发起自己的超能潜质，以万夫难敌之势，与史特工展开惊心动魄的激战，他发誓要为拯救人类，与"主体"进行决战。
